ФАС Московского округа в Постановлении от 14 января 2011 г. N КА-А40/16962-10 пояснил, что выбор специального режима - упрощенной системы налогообложения носит уведомительный характер, поэтому несвоевременная подача заявления о переходе на названную систему налогообложения не может служить основанием для отказа обществу в ее выборе.
  ФАС указал, что переход к упрощенной системе налогообложения или возврат к общему режиму налогообложения осуществляется организациями и индивидуальными предпринимателями добровольно, в порядке, предусмотренном главой 26.2 Налогового кодекса Российской Федерации.

  Вновь созданная организация и вновь зарегистрированный индивидуальный предприниматель вправе подать заявление о переходе на упрощенную систему налогообложения в пятидневный срок с даты постановки на учет в налоговом органе, указанной в свидетельстве о постановке на учет в налоговом органе. В этом случае организация и индивидуальный предприниматель вправе применять упрощенную систему налогообложения с даты постановки их на учет в налоговом органе.
  При этом подача заявления по истечении пяти дней с момента постановки на учет в налоговом органе не может служить основанием для отказа обществу в выборе специального режима налогообложения.

http://www.rcsme.ru/news.asp?SectionId=1&NewsId=53620